ساختار سازمانی WAKF با هدف ایجاد یک نظام مدیریتی منسجم، شفاف و کارآمد طراحی شده است. این ساختار، مسئولیت‌ها و وظایف بخش‌های مختلف سازمان از جمله هیئت‌رئیسه، معاونت‌ها، کمیته‌های تخصصی و نمایندگان استان‌ها را مشخص می‌کند.

تقسیم وظایف میان واحدهای اجرایی، اداری، فنی و بین‌الملل، زمینه هماهنگی بیشتر و توسعه منظم فعالیت‌های سازمان در سطح ملی و بین‌المللی را فراهم می‌سازد. این ساختار همچنین با تکیه بر ظرفیت مربیان، داوران و متخصصان، مسیر توسعه و گسترش کیوکوشین و هنرهای رزمی مرتبط را دنبال می‌کند.